主線劇情

第一部 - 伊麗絲古拉德
聖伊麗絲篇 1-1 聖伊麗絲的魔鬼教官 1-2 實地訓練 1-3 夢幻列車 1-4 列車騎士的基礎 1-5 令人不安的霧 1-6 鐵路的探求者 1-7 激戰的預感 1-8 看不見的東西 1-9 蠱惑人心的東西 1-10 芬奇利老師	聖伊麗絲篇 2-1 女生宿舍的早晨 2-2 鐵質注入 2-3 違和感 2-4 世界異變 2-5 足跡 2-6 蒙面劍士 2-7 反抗 2-8 鐵之路 2-9 女王道的決心 2-10 尋找真相	錦篇 3-1 向錦出發！ 3-2 越過關口 3-3 危險的驛站 3-4 詛咒人偶 3-5 關於服裝 3-6 奈奈的腰飾 3-7 吉野的提案 3-8 不可觸碰之物 3-9 結界破除 3-10 朋友
錦篇 4-1 錦之怪談一百連篇 4-2 大江山的人偶師 4-3 超級危險 4-4 霧之亡靈 4-5 要好的兩人 4-6 禮物 4-7 往地域的小徑 4-8 人偶地獄 4-9 弦月寧寧和奈奈 4-10 對滿月發誓	艾森古拉德篇 5-1 離溫暖遙遠之處 5-2 龜裂 5-3 相連的情誼 5-4 古城的怪異 5-5 擊斃魔物的實彈 5-6 底層 5-7 她的惡夢 5-8 少女們的自尊 5-9 暴風雪的深處 5-10 祝賀與詛咒	艾森古拉德篇 6-1 早晨的闖入者 6-2 其名為鬥鋼團！ 6-3 掩護射擊 6-4 貴族與軍人 6-5 特鐵隊存亡危機 6-6 無臉女 6-7 鋼鐵巨人 6-8 天才矮個子發明家 6-9 惡意產卵 6-10 邪道與正道
瓦馮爾特篇 7-1 鐵之遺跡 7-2 探索遺跡的知名二人組 7-3 謝念堡要塞 7-4 又窄又暗的地下通道 7-5 從碉堡上看到的東西 7-6 卡爾和埃米爾 7-7 尋找動力來源 7-8 台車總站 7-9 馬蒂諾的看守人 7-10 電光	瓦爾馮特篇 8-1 妖精之森 8-2 消失的布魯澤 8-3 從樹上俯瞰的景色 8-4 妖精王 8-5 全都是迷霧的錯？ 8-6 黑暗血族 8-7 妖精之泉 8-8 來自西方之物 8-9 不歸的魔女 8-10 布羅塞利安特的守護者	弗雷瑪琳篇 9-1 烈日下的密室審判 9-2 急行 9-3 被囚禁的公主 9-4 海底迴廊 9-5 水底之聲 9-6 救出 9-7 疑問的漩渦 9-8 邪教儀式 9-9 步調一致 9-10 今天的釣魚成果
弗雷瑪琳篇 10-1 分隊的現狀 10-2 暴風雨的前兆 10-3 在血海之中 10-4 詛咒的法老 10-5 世界公敵 10-6 紅燈區的惡夢 10-7 熱沙的魔王 10-8 孤獨的太陽 10-9 愛與恨的沙塵暴 10-10 被斬斷的羈絆	艾森古拉德篇 11-1 危險特區羅倫城塞 11-2 雪原上綻放之花 11-3 幻霧教 11-4 銀色之狼 11-5 雅庫次克的妹妹 11-6 徘徊的生命 11-7 姊妹重逢 11-8 肩負著悲傷 11-9 巨樹的引導 11-10 極光	暗黑學園篇 12-1 旁觀者的憂鬱 12-2 聖伊麗絲的問題兒童們 12-3 孤立 12-4 昨天的敵人就是今天的什麼？ 12-5 暗黑受精卵 12-6 殼的內側 12-7 死路 12-8 絕望的世界線 12-9 他們的終點站 12-10 漫長軌道
弗雷瑪琳篇 13-1 水邊的天使們 13-2 乘上小艇吧！登陸作戰！ 13-3 呼喚聖伊麗絲的聲音 13-4 水中調查 13-5 海蝕洞裡的東西 13-6 魚炸彈 13-7 與天空戰鬥的海騎士 13-8 危險的敵人 13-9 異界的兵器 13-10 兩束花束	『霧之海』篇 14-1 突襲 14-2 增殖的霧 14-3 包圍戰 14-4 國王十字與『天啟神子』 14-5 派丁頓的姊姊 14-6 萬惡的根源 14-7 慈悲的天劍 14-8 前往『霧之海』 14-9 保護鐵路之人 14-10 追趕霧之子民	巨樹鐵路篇 15-1 外面的世界 15-2 冷淡的家臣 15-3 被隱藏的入口 15-4 邪惡的爪牙 15-5 騎士之恥 15-6 壞人 15-7 內奸 15-8 了結 15-9 騎士的使命 15-10 聖伊麗絲之劍
超兵器『壺中天』篇 16-1 惡夢的喜宴 16-2 被囚禁的太陽 16-3 困惑的漩渦之中 16-4 狂亂的沙漠 16-5 悲劇收尾 16-6 夢之超兵器『壺中天』 16-7 被打破的禁忌 16-8 時空的流浪者 16-9 夢想的終結 16-10 母親的絕望、妹妹的希望	巨大樹攻略篇 17-1 突破口 17-2 何謂『外圍部隊』的士官 17-3 挑戰困境 17-4 新人的真面目 17-5 恐怖 17-6 嚮導 17-7 鐵與毒 17-8 瑪麗的目的 17-9 『毒』是『鐵』 17-10 道路	巨大樹攻略篇 18-1 歸來 18-2 新的道路 18-3 穿過漫長隧道之後 18-4 最初的試煉 18-5 自己所沒有的東西 18-6 有意義的戰鬥 18-7 搖盪的幻想 18-8 拯救世界的方法 18-9 神子的犧牲 18-10 和平與彩雲之國 18-EP 結局

第二部 - 伊麗絲鐵道篇
伊麗絲梅特洛篇 19-1 久違的學園生活 19-2 演技派？ 19-3 踢館與人偶阿宅 19-4 『下面』的世界 19-5 當『夜晚』來臨 19-6 地鐵大廳 19-7 幻霧的行蹤 19-8 讓『夜晚』放晴 19-9 常闇之王 19-10 新的開始	梅特洛聖伊麗絲篇 20-1 雨之古城 20-2 京都的工作 20-3 大門 20-4 點燈 20-5 來自地牢的聲音 20-6 侍女安娜 20-7 侍女的選擇 20-8 妨礙者 20-9 安娜 20-10 秘密的茶會	梅特洛錦篇 21-1 千本鳥居 21-2 狐狸少女 21-3 結界咒術 21-4 京都的秘術 21-5 流雛 21-6 黑色人偶 21-7 人偶的朋友 21-8 凝視柱子 21-9 『門』的另一邊 21-10 我不要緊
人偶宅邸篇 22-1 友禪的協助 22-2 咒術的代價 22-3 疑心 22-4 可靠的夥伴 22-5 作為人偶 22-6 姊妹的記憶 22-7 人偶的氣味 22-8 歡迎回來，京都 22-9 雅姬 22-10 悲傷，開心	ＭＳ橫貫比賽篇 23-1 蠻橫的主角 23-2 冒牌貨與本尊 23-3 感到疑惑的義妹 23-4 家人重逢 23-5 MS橫越賽 23-6 預備～～開始 23-7 一如既往的老套 23-8 深夜密談 23-9 四處奔馳的妖物 23-10 真正的英雄	犯罪都市『臥舞伎町』篇 24-1 愛的旅館 24-2 犯罪都市・臥舞伎町 24-3 秋葉原系與澀谷系 24-4 夜遊要適可而止 24-5 畸形秀的少女 24-6 大人城市裡的孩子們 24-7 在路上耀武揚威 24-8 憤怒的孩子們 24-9 眼不見為淨 24-10 善惡之間的狹縫
沃爾塔亞的冰霧篇 25-1 沃爾塔亞天球 25-2 别斯佳與泰舍特 25-3 雪原上發光的物體 25-4 難搞的妹妹 25-5 凍結一切 25-6 神秘圓盤 25-7 救世主 25-8 『好軍人』 25-9 星星碎片 25-10 鋼鐵雙子星	下天津的岩戶篇 26-1 歡迎來到大江山 26-2 大江山發生異狀 26-3 大江山的守護者 26-4 惡作劇女孩 26-5 被識破的咒術 26-6 詛咒草人幻象 26-7 綠色礦石 26-8 艱難的課題 26-9 綠之洞窟 26-10 強大的秘訣	雷之遺跡篇 27-1 毀滅之歌 27-2 聯合作戰 27-3 堅韌不拔的一族？ 27-4 夏納族的直覺 27-5 雷之遺跡 27-6 神秘的封印壁 27-7 鐵路的一部分 27-8 小小的手印 27-9 雷之公主 27-10 執行任務
雷之遺跡篇 28-1 欲速則不達 28-2 薇薇安的異變 28-3 異界之門的守護者 28-4 闇之力 28-5 遺跡的管理者 28-6 傳送魔法 28-7 騎士長與教官 28-8 破滅的使徒 28-9 布羅塞利安特的妖精王 28-10 最後的鑰匙	梅特洛弗雷瑪琳篇 29-1 另一個班斯卡 29-2 專業人士 29-3 緊張的氣氛 29-4 布特拉的靈光一閃 29-5 擁有意志的石頭 29-6 好心的奧莉維亞 29-7 進入光芒之中 29-8 綠之洞窟 29-9 藍色輝石 29-10 一望無際的黑暗	闇之天球篇 30-1 闇之天球 30-2 海上鐵路 30-3 常闇漩渦 30-4 王之計策 30-5 聖伊麗絲的巨樹 30-6 做不到的約定 30-7 五個祭壇 30-8 最後的鑰匙 30-9 常闇之王 30-10 光之天球 30-EP 尾聲

第三部 - 世界之璧篇
聖伊麗絲的鋼鐵樹篇 31-1 合作不足 31-2 闇夜的狙擊手 31-3 分頭行動 31-4 大軍 31-5 顛覆數量劣勢 31-6 敵將 31-7 光之雨 31-8 愉快的妖狐 31-9 鐵荊棘 31-10 聖伊麗絲的鋼鐵樹	聖伊麗絲北部篇 32-1 光之痕 32-2 遍尋不著之物 32-3 機械兵軍團 32-4 第二次的敗北 32-5 與目標的距離 32-6 殘骸 32-7 殘酷的真相 32-8 為了和平 32-9 北部的英雄 32-10 人造之物	沃雷茲冰壁篇 33-1 瓦倫茲冰壁 33-2 姊姊的判斷 33-3 第四堡壘 33-4 消失的雅庫次克 33-5 北部的戰士 33-6 『牆壁』的內側 33-7 巨大升降機 33-8 比瓦倫茲更北方的世界 33-9 『鋼鐵之門』 33-10 異界之人
梅特洛艾森古拉德編 34-1 吸『毒』怪物 34-2 兩道影子 34-3 再會，會合 34-4 研究設施 34-5 牢籠之中的野獸 34-6 物以類聚 34-7 實驗開始 34-8 『狩獵』之眼 34-9 雪與鋼鐵的守護者 34-10 淨化	Template:主要場景35	Template:主要場景36
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第四部 - 天空之橋
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